Od 1 stycznia 2010 roku wchodzi w życie ustawa o finansach publicznych  z 27 sierpnia 2009 r., która wprowadza fundamentalne zmiany w systemie wdrażania Funduszy Europejskich. Dotyczą one przede wszystkim systemu finansowania realizacji programów, ale również systemu instytucjonalnego. Nowe przepisy ustanawiają instytucję Płatnika, którego rolę pełnić będzie Bank Gospodarstwa Krajowego (BGK).
W nowym systemie środki UE będą wyłączone z budżetu państwa. Utworzony zostanie budżet środków europejskich, przeznaczony do finansowania programów. Pieniądze z tego budżetu będą przekazywane bezpośrednio do beneficjenta w formie płatności (a nie dotacji rozwojowej) wypłacanej przez BGK. Wypłata uruchamiana będzie na podstawie zlecenia wystawianego przez instytucję podpisującą z beneficjentem umowę o dofinansowanie.
Nowa ustawa o finansach publicznych przewiduje, że współfinansowanie krajowe, czyli część dofinansowania projektu pochodząca z budżetu państwa będzie przekazywana beneficjentowi w formie dotacji celowej przez właściwego dysponenta części budżetowej, bezpośrednio albo za pośrednictwem BGK.
Nowy system wprowadza zatem zasadę, że beneficjent otrzymuje środki na dofinansowanie z dwóch źródeł: środki UE wypłacane przez BGK w formie płatności oraz ewentualne współfinansowanie krajowe z budżetu państwa w formie dotacji celowej wypłacanej przez BGK lub bezpośrednio przez właściwego dysponenta.
Z punktu widzenia beneficjentów fundamentalne znaczenie ma fakt, że przepisy zmienionej ustawy przewidują różne procedury rozliczania otrzymanych środków, w zależności od formy ich przekazania, zwłaszcza w kontekście wypłaty dofinansowania w formie zaliczki. W przypadku gdy wypłacona beneficjentowi zaliczka zawiera zarówno wkład UE jak i wkład krajowy, beneficjent będzie musiał dokładnie wiedzieć jaka część przekazanego mu dofinansowania podlega obowiązkowi zwrotu w przypadku braku rozliczenia do końca roku budżetowego. Dlatego zapisy umowy o dofinansowanie muszą precyzyjnie wskazywać, jaka część środków przysługujących beneficjentowi stanowi współfinansowanie krajowe i jakie są konsekwencje ich nierozliczenia z końcem roku budżetowego. Aneksowanie dotychczas zawartych umów będzie odbywać się sukcesywnie. Należy przy tym mocno podkreślić, że brak aneksu do umowy nie wstrzyma należnych wypłat. Przepisy wykonawcze do ustawy wyraźnie wskazują, że nadal obowiązywać będą dotychczasowe zobowiązania i mechanizmy.
Źródło: http://www.funduszeeuropejskie.gov.pl